L’Ottocento
Fondata nel 1863 durante il ministero di Michele Amari (7 dicembre 1862-23 settembre 1864, Ministeri Farini-Minghetti), la Biblioteca del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca ha la sua sede originaria nella Collegiata Universitaria di Torino, la prima città capitale del Regno d’Italia dal 1861 al 1865.
In seguito al trasferimento della capitale d’Italia da Firenze a Roma, nel 1870, come gli altri edifici dell’amministrazione statale anche la Biblioteca trova una nuova sistemazione, dapprima, all’interno del palazzo del Ministero, in piazza della Minerva e, successivamente, in alcuni locali della già esistente biblioteca Casanatense situata nella medesima piazza del centro di Roma, a pochi passi dal Pantheon.
Era allora segretario generale del Ministero Ferdinando Martini al cui nome, insieme a quello del suo collaboratore Desiderio Chilovi, già prefetto alla Nazionale di Firenze, si lega il R.D. 28 ottobre 1885, n. 3464 che approva il Regolamento organico delle biblioteche governative del Regno d’Italia.
In precedenza, tuttavia, e in particolare negli anni del dicastero di Ruggero Bonghi (1874 - 1876), le raccolte della Biblioteca del Ministero cominciarono a smembrarsi a vantaggio, prima, della biblioteca circolante del Museo pedagogico (fondato nel 1874) e poi, dal 1904, a vantaggio della Biblioteca Nazionale di Torino: nel gennaio di quell’anno, infatti, quest’ultima aveva subito un grave incendio che distrusse circa 3.000 manoscritti e oltre 25.000 stampati e a cui si cercò di sopperire attraverso la donazione di quasi cinquemila volumi provenienti dalla Biblioteca del Ministero.
Fra le poche, principali opere che rimasero conservate nelle due sale presso la biblioteca Casanatense vanno ricordate le raccolte degli Atti parlamentari, gli Annuari delle università, le raccolte delle Leggi e dei Decreti (compresi quelli varati dagli Stati italiani prima dell’annessione al Regno d’Italia) e i Bollettini Ufficiali del Ministero. A queste si aggiungono le importanti e ricche collezioni archeologiche costituite all’epoca della Direzione generale di Antichità e belle Arti (1874) per opera dell’archeologo Giuseppe Fiorelli.
In questi anni di vicissitudini, nel frattempo, venne varato il Regolamento per il prestito dei libri della Biblioteca del Ministero (1896).

Il Novecento
Nonostante una parziale ricostituzione nel 1912, la Biblioteca, diretta dal Luigi De Gregori, viene soppressa nel 1920 per volere del dicastero di Benedetto Croce a causa dello stato di abbandono e di depauperamento in cui versava il materiale ivi conservato (il quale, tuttavia, divenne un reparto della Biblioteca Alessandrina di Roma).
Con Ordinanza del 24 aprile 1926, tuttavia, il ministro Fedele riconobbe la necessità di ricostituire la Biblioteca in maniera tale che «rispondesse adeguatamente ed utilmente alle varie esigenze di consultazione e di studio da parte degli Uffici».
Nei mesi successivi, il R.D. 7 giugno, n. 944 sancì la nascita della Direzione generale delle Accademie e Biblioteche che, trovando la propria sede all’interno dell’allora Ministero della Educazione nazionale, attribuiva alla Biblioteca un ruolo di maggiore rilievo, centro istituzionale di un sistema bibliotecario nazionale che si andava consolidando.
Questa nuova esigenza del regime mussoliniano di centralizzare e ordinare l’amministrazione statale e allo stesso tempo di controllare la «cultura alta» di cui la Biblioteca ministeriale era espressione, ebbe come effetto anche l’avvio di un paziente lavoro volto a rintracciare e risistemare il materiale residuato dallo smembramento dei decenni precedenti e andato disperso in vari magazzini, archivi e singoli uffici del Regno.
Nel 1928, tale materiale documentario fu trasportato nella nuova sede del Ministero in viale del Re (poi viale Trastevere) e sistemato in due stanze di lettura. La biblioteca nella sua nuova sede ebbe continuo incremento e si arricchì in prevalenza di opere giuridiche, letterarie e pedagogiche. Nel 1937, la Biblioteca fu definitivamente collocata nella sede attuale, con una sala di lettura a volta molto alta, completamente scaffalata in legno.
Nel corso della Seconda Guerra Mondiale, il Ministero dell’Educazione Nazionale partecipa all’opera di protezione civile antiaerea, occupandosi anche della salvaguardia dei libri e delle biblioteche. Forse il principale protagonista di tali operazioni è l’ispettore bibliografico Luigi De Gregori, a cui la Biblioteca verrà a breve intitolata.